STORY

彼が目を覚ますと、その記憶は失われていた。自分が誰なのかも分からない。ここがどこなのかも分からない。そんな彼のことを「兄さん」と慕う少女が現れた。

——少女の名は『明智光理』。光理は記憶を失った兄にその名前を告げる。そう、彼の名前こそ『明智久司朗』。

久司朗は光理と共に『公立葉月学園』に通う。そこは『聖女』と呼ばれる存在を育成する為のジーニアス機関であった。聖女という言葉に頭痛を覚える久司朗。
自分はかつて、その言葉に重要な意味を感じていたはず。だが、どうしても思い出すことが出来ない。久司朗はその学園で三人の少女たちと出会う。

『最も聖女に近い者』として、ずっと『都(みやこ)』のある『都立弥生学園』で育てられてきた少女『奇稲田撫子』聖女を守る為に結成された『聖女騎士団』を育成する為の学園、『軍立聖エイプリル学園』の次期団長『フィアナ・アストレイア』そして魔道を追求し、『能力(ギフト)』を研究する機関『国立キサラギ魔道学園』で、天才の名を欲しいままにしている才女『サリー・霧宮』

彼女たちに、久司朗は何か予感めいたものを感じる。それは『彼女らの誰かが聖女になれば、世界は崩壊する』という予感だ。そして更に久司朗は何者かに命を狙われることになる。

「貴方がこの世界にいると、この世界は滅びてしまうのです」そう告げる謎の襲撃者『零月』。

絶体絶命の大ピンチ。だが、その瞬間——久司朗の持つ能力——に見せかけた技術——『高速思考』が目を覚ます。その瞬間、彼は見たこともない場所。なのに、どこかで知っている場所に現れていた。そこは、とても広大な図書館。

「やあ、久しぶり。それとも、初めましてかな?」

そこにいた少女は。光理と同じ外見を持った少女は語る。

「私はメフィスト。君が世界を壊す為の相棒のようなものだよ、久司朗」悪魔の名を名乗る少女『メフィスト』と記憶を失った久司朗の新たな戦いが幕を開く。